区审计局设4个职能科室：
　　（一）办公室
　　负责草拟、修改、审核重要文件；负责各类会议的会务工作；承担文书、档案、信访工作；负责机关行政后勤管理等工作；负责办理局机关干部人事、劳动工资、岗位目标责任制管理、离退休干部职工管理服务等事宜；编辑审计信息，反映审计情况；办理审计专业技术职称资格考试事宜；机关精神文明建设，接对扶贫帮困工作。
　　（二）经济责任审计科（法规科）
　　负责同区委组织部间的经济责任审计工作联系；承办区经济责任审计联席会议办公室的日常事务工作；实施经济责任审计；研究探索完善经济责任审计工作的办法和措施；拟写经济责任审计工作的总结、报告等材料；填报经济责任审计报表；登记经济责任审计台帐；开展审计调查。
　　草拟重大审计业务综合性材料；研究财政经济方面的法律、法规和政策，提出有关贯彻意见和建议；承担对局本级审计业务质量的检查考核的具体事项；负责编制全区审计项目计划和审计情况统计报表；审核、复核局机关的审计报告、审计意见书、审计决定；负责对社会审计组织审计业务质量的监督检查；负责基建（技改）工程预决算审计验证资格年检；负责指导监督内审工作；办理行政诉讼和听证工作；组织实施审计法律法规的学习培训；收集、整理、管理审计法规资料并提供服务；联系特约审计员。
　　（三）财政金融审计科
　　制订区级财政预算执行情况的审计总体方案；负责实施区级财政预算执行和其他财政资金收支的审计，草拟区级财政预算执行审计的有关报告和总结；负责对行政单位及接受财政拨款单位的财政财务收支审计；负责对乡镇街道办事处的财政财务收支审计；负责对上级审计机关授权的国家金融、保险机构和非银行金融机构及分支机构的财务收支、资产、负债、损益情况审计；负责对区属地方金融、保险机构和非银行金融机构的资产、负债、损益情况审计；负责对区属有关部门发行债券、社会集资审批情况的审计；开展专项审计和审计调查。
　　（四）企事业审计科
　　负责区属事业单位的财政财务收支审计；负责对区属经贸、供销、旅游、盐业、交通等部门的财务收支审计；负责对政法、劳动、文化、教育、卫生、民政、农业、科技、建设环保等主管部门管理的各种社会保障基金、环境保护资金、社会捐赠资金等专项资金收支审计；负责对国有独资及国有控股或占主导地位的企业的资产、负债、损益情况进行审计；对区政府有关部门（单位）和乡镇借用国外资金及使用国外援助资金的使用管理情况进行审计；对区重点建设项目、财政性资金投资项目的概预算执行和决算进行审计；对涉及建设项目的设计、监理、勘察、施工等企业事业单位进行审计；开展专项审计和审计调查。